Os alimentos, principalmente aqueles de origem animal, devem sempre ser manipulados e armazenados de forma correta para evitar a transmição de doenças de origem alimentar. Por isso, é muito importante que os queijos sejam conservados de forma correta.
Queijos frescos e com alto teor de umidade são mais sensíveis à deterioração e apresentam maior risco. Por isso, é muito importante que sejam sempre mantidos sob refrigeração na parte superior da geladeira (entre 4 e 7 ºC), respeitando o prazo de validade e o tempo recomendado para consumo após aberto.
Queijos semiduros e duros são menos sensíveis à variações de temperatura, mas, ainda assim, é recomendado que sejam mantidos sob refrigeração na parte inferior da geladeira (gaveta de legumes) ou, em temperatura ambiente de, no máximo, 18 ºC.
O congelamento é uma técnica de conservação de alimentos muito eficaz e pode ser usada inclusive para queijos. Queijos duros e semiduros, como parmesão, gouda, mussarela e prato resistem melhor ao congelamento. É recomendado congelar o queijo em pedaços e descongelar apenas a fração que será consumida.
O descongelamento deve ser feito na geladeira, para minimizar o impacto na textura. No entanto, a textura dos queijos pode ficar alterada após o descongelamento, sendo mais aconselhável seu uso para preparos culinários, como pratos gratinados.